植物中存在着必不可少的初生代谢化合物和物种特异的次生代谢化合物（天然产物），次生代谢物作为植物环境的“化学”语言，在生物或非生物胁迫反应中发挥重要作用。常见的天然产物种类繁多，包括萜类、黄酮类、生物碱、酰基糖等化合物，而这些化合物结构骨架可以进一步在修饰酶（如细胞色素P450，糖基转移酶，甲基转移酶，酰基转移酶等）作用下形成结构丰富多样和生物活性不同的物种特异的天然产物。到目前为止，随着技术手段的快速发展，在植物中共有接近一百万代谢物报道，然而这仅代表了“冰山一角”，数量是可能更高。目前主流的的色谱质谱的联用，极大满足了高通量、高精度和高灵敏的检测要求，使得代谢组学更多运用到等多个研究领域，如植物代谢表型研究、基因功能鉴定等。随着三代测序等测序技术的飞跃，高覆盖度和高精度的基因组和转录组信息完善、及其它新技术的发展，解析更多植物特异的天然产物代谢途径成为一个研究热点。