由于转座子能在物种间和物种内转移，因此，像其它的突变源一样，能够产生丰富的基因组结构变异。逆转座子占猪基因组约40%，且50%以上的结构变异由逆转座子介导产生（也称为转座子插入多态RIP，Retrotransposon insertion polymorphism）。由于逆转座子插入片段大（一般200 bp以上），且大多含有功能元件（启动子、增强子等），RIP产生的遗传效应普遍比SNP更强。另外，由于RIP是由内源性转座酶介导，而SNP是自然突变，RIP的突变率（2.5×10−2）比SNP（1.0-1.8×10–8）高。因此，转座子不仅促进了物种间基因组的分化，而且还产生了物种内丰富的遗传多样性，对物种、品种、亚种、品系和新性状形成发挥了重要作用。因此，转座子插入形成的多态是重要的新型分子标记，其在遗传进化研究中的应用为我们理解高等生物基因组的进化提供了全新视角，同时，转座子插入多态分子标记技术也成为生物多样性、遗传进化和分子育种研究的重要工具。与传统SNP标记相比，RIP标记具有突变率高、稳定性好、数量大、分布范围广、遗传效应大、检测手段简单快速和开发成本低等特点。因此，基于家畜基因组上逆转录转座子插入多态性（简称RIP）的分子标记开发在家畜QTL精细定位、全基因组选择等遗传育种研究中具有更高的应用价值和前景。