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植物病害生物防治，生防(细)菌的生防作用及机制，生防菌防治应用研究；桃等果树病害病原生物学、病害成灾发生规律和机制、综合防治技术研究；Harpin蛋白、抗菌蛋白等PAMPs分子结构与功能研究，抗病(PTI)分子机制和抗病信号通路研究。
- 杨丽娜,纪兆林,,郝靖璞,王凌云,刘珣,柳金花,张越,施恒松,吕志鹏,曹施源,冯婉珍,李连伟,纪兆林.Systematic characterization of the nine components involved in the MAPK cascades in peach shoot blight fungus Diaporthe amygdali.Molecular Plant-Microbe Interactions,2025,38(5):735-750.
- 杨丽娜,纪兆林,,李家荟,施恒松,王杰,柳金花,纪兆林.桃枝枯病研究进展.植物病理学报,2025,55(2):185-193.
- 冯思璨,纪兆林,,蒋小玉,施恒松,杨丽娜,纪兆林.桃树“青烫病”病因探究.安徽农业科学,2025,53(9):123-129.
- 孙文馨,纪兆林,,经盛红,施恒松,杨丽娜,董京萍,朱峰,纪兆林.樱桃果实采后致腐病原菌鉴定及其致病性研究.扬州大学学报 (农业与生命科学版),2024,45(3):120-129.
- 杨丽娜,纪兆林,,郝靖璞,曹军,纪兆林.桃拟茎点霉的侵染过程及其致病影响因子研究.南京农业大学学报,2024,47(4):674-679.
- 严纯,陆一禾,金唯新,纪兆林,,徐春凤,郭珺洁,李小鹏,杨丽娜,朱峰,董京萍,金唯新,纪兆林.桃细菌性穿孔病田间消长动态及天气条件影响的研究.扬州大学学报 (农业与生命科学版),2023,44(2):91-98.
- "十四五"国家现代农业(桃)产业技术体系建设专项,国家财政部和农业农村部,纪兆林,
- "十三五"国家现代农业(桃)产业技术体系建设专项,国家财政部和农业农村部,纪兆林,
- 含有卷曲螺旋结构域多肽N21的抗病机制及其在植物上的受体分析,国家自然科学基金青年基金,纪兆林,
- 耐贮运桃优质省力化生产技术创新与集成—子课题：桃园主要病害综合防控研究,江苏省农业科技自主创新资金,纪兆林,
- 耐贮运型桃新品种选育与高效省力化栽培技术研究—子课题：桃园流胶病、枝枯病防控研究,江苏省农业科技自主创新资金（江苏省农业科学院成果导向型重大项目）,纪兆林,
- 桃新品种、新技术的协同推广,农业重大技术协同推广计划试点(农业农村部),纪兆林
