个人信息

  • 教师姓名:张韬

  • 教师拼音名称:zhang tao

  • 电子邮箱:

  • 入职时间:2016-09-23

  • 所在单位:农学院

  • 学历:博士研究生毕业

  • 办公地点:无

  • 性别:男

  • 学位:工学博士学位

  • 职称:正高级

  • 在职信息:在岗

  • 毕业院校:电子科技大学

  • 博士生导师

  • 硕士生导师

  • 所属院系: 农学院

  • 学科:作物遗传育种

其他联系方式

  • 暂无内容

个人简介

    张韬,扬州大学教授,江苏特聘教授,博士生导师,国家级青年人才计划入选者,江苏省“双创计划”双创团队领军人才,2004年本科毕业于四川大学,2013年博士毕业于电子科技大学,2010年至2016年于美国威斯康辛大学-麦迪逊分校园艺系从事学习、研究工作, 2016年9月加入扬州大学从事科研和教学工作。主要从事植物基因组信息的挖掘及解析, 基因组编辑系统优化等工作,先后承担国家转基因重大专项等课题;在Genome Biology, PNAS, Plant Cell, Nucleic Acids Research等期刊发表SCI论文50余篇。


调控元件的高通量挖掘

    真核生物的基因表达与调控是一系列顺式调控元件(cis-regulatory elements,CRMs)与调控蛋白(regulatory proteins)互作的结果。顺式调控元件(如,启动子、增强子等)本身不编码蛋白,需与调控蛋白(如转录因子)结合才能发挥其生物学作用。根据进一步的研究发现,顺式调控元件往往与染色质的结构密切相关,开放染色质为调控元件富集的区域。我们通过ATAC-seq等文库,使用生物信息学大数据分析方法确定了植物基因组中的开放染色质;鉴定开放染色质位点上的顺式调控元件富集区域;结合多组学数据预测对作物全基因组启动子和增强子进行通量预测,并用实验方法进行验证。


基因组编辑体系的优化

    CRISPR-Cas9、CRISPR-Cas12a (Cpf1)等核酸酶可针对特定基因组DNA序列实现可编程定向剪切,并能以前所未有的精准度和便捷度进行基因组编辑,被广泛应用于动、植物及微生物的基因功能解析、新种质创制、基因治疗等基础研究及实践应用中,被认为是21世纪生物技术领域的重大突破。针对植物基因组编辑基础研究及应用实践中如何有效进行CRISPR-Cas核酸酶脱靶效应评价的科学问题,在充分借鉴前期相关工作实验设计、实施策略、研究结果的基础上,以水稻为模型,基于“全基因组测序+大数据”分析策略,对CRISPR-Cas9、CRISPR-Cpf1 (Cas12a)介导的植物基因组编辑脱靶效应进行有效解读,得出Cas9、Cpf1核酸酶的表达没有诱导水稻基因组产生新的变异,同时提出提升gRNA的设计严谨性可以消除基因组编辑事件中脱靶效应的潜在影响,为进一步推动CRISPR-Cas基因组编辑技术发展、打消公众对基因组编辑植物的疑虑及相关产业政策的制定提供了确实科学证据及重要参考依据,同时基因编辑工具的发展为调控元件挖掘鉴定提供了有力的支持。


实验室网站: http://bioinfor.yzu.edu.cn/


发表论文:

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

  • Zhang R, Xue C, Liu GQ, Liu XY, Zhang ML, Wang X, Zhang T*, and Gong ZY*. Segmental Duplication of Chromosome 11 and its Implications for Cell Division and Genome-wide Expression in Rice. Scientific Reports 2017, 1(7):2689.

  • Tang X†, Lowder LG†, Zhang T, Maizahn AA, Zheng XL, Voytas DF, Zhong ZH, Chen YY, Ren QR, Li Q, Kirkland ER, Zhang Y*, and Qi YP*. A CRISPR-Cpf1 system for efficient genome editing and transcriptional repression in plants. Nature Plants 2017, 3:17018.

  • Marand AP, Zhang T, Zhu B, and Jiang JM*. Towards genome-wide prediction and characterization of enhancers in plants. Biochimica et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms 2017, 1860(1):131-139.

  • Zhou JP†, Deng KJ†, Cheng Y, Zhong ZH, Tian L, Tang X, Tang AT, Zheng XL, Zhang T, Qi YP*, and Zhang Y*. CRISPR-Cas9 Based Genome Editing Reveals New Insights into MicroRNA Function and Regulation in Rice. Frontiers in Plant Science 2017, 8:1598.

2016

2015

2014

  • Zhang T, Li GR, Yang ZJ, Nevo E. Adaptive evolution of duplicated hsp17 genes in wild barley from microclimatically divergent sites of Israel. Genetics and Molecular Research 2014, 13(1):1220-1232.

  • Zhang WL, Zhang T, Wu YF, Jiang JM. Open Chromatin in Plant Genomes. Cytogenetic and Genome Research 2014(1-3), 143:18-27.

  • Yang LM†, Koo, DH†, Li D, Zhang T, Jiang JM, Luan FS, Renner SS, Henaff E, Sanseverino W, Garcia-Mas J, Casacuberta J, Senalik DA, Simon PW, Chen JF, and Weng YQ. Next-generation sequencing, FISH mapping and synteny-based modeling reveal mechanisms of decreasing dysploidy in CucumisThe Plant Journal 2014, 77(1):16-30.

2013

  • Zhang T†, Talbert PB†, Zhang WL†, Wu YF, Yang ZJ, Henikoff JG, Henikoff S, Jiang JM. The CentO satellite confers translational and rotational phasing on cenH3 nucleosomes in rice centromeres. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2013, 110(50):E4875–E4883.

  • Iovene M, Zhang T, Lou Q, Buell CR, Jiang JM. Copy number variation in potato - an asexually propagated autotetraploid species. The Plant Journal 2013, 75(1):80-89.

  • Wei W, Zhang T, Lin D, Yang ZJ, Guo FB. Transcriptional abundance is not the single force driving the evolution of bacterial proteins. BMC Evolutionary Biology 2013, 13(1):162.

  • Yang ZJ, Zhang T, Lang T, Li G, Chen G, Nevo E. Transcriptome Comparative Profiling of Barley eibi1 Mutant Reveals Pleiotropic Effects of HvABCG31 Gene on Cuticle Biogenesis and Stress Responsive Pathways. International Journal of Molecular Sciences 2013, 14(10):20478-20491.

  • Dong ZB, Jiang C, Chen X, Zhang T, Ding L, Song W, Luo H, Lai J, Chen H, Liu R, Jin WW. Maize LAZY1 Mediates Shoot Gravitropism and Inflorescence Development through Regulating Auxin Transport, Auxin Signaling, and Light Response. Plant Physiology 2013, 163(3):1306-1322.

2012

2011

  • Yang ZJ, Zhang T, Li GR, Nevo E. Adaptive microclimatic evolution of the dehydrin 6 gene in wild barley at “Evolution Canyon”, Israel. Genetica 2011, 139(11-12):1429-1438.

  • Wang XH, Zhang T, Wen ZN, Xiao H, Yang ZJ, Chen GX, Zhao X. The chromosome number, karyotype and genome size of the desert plant diploid Reaumuria soongorica (Pall.) Maxim. Plant Cell Reports 2011, 30(6):955-964.

  • Tang ZX, Fu SL, Ren ZL, Zhang T, Zou YT, Yang ZJ, Li GR, Zhou JP, Zhang HQ, Yan BJ, Zhang HY, Tan FQ. Diversity and evolution of four dispersed repetitive DNA sequences in the genus SecaleGenome 2011, 54(4):285-300.

2010

  • Li GR, Zhang T, Wei P, Jia J, Yang ZJ. Sequence analysis of alpha-gliadin genes from Aegilops tauschii native to China. Asian Journal of Agricultural Sciences 2010, 2(4):128-135.

  • Li GR, Zhang T, Ban Y, Yang ZJ. Molecular characterization and evolutionary analysis of alpha-gliadin genes from Eremopyrum bonaepartis (Triticeae). Journal of Agricultural Science (Toronto) 2010, 2(4):30-36.

2009

  • Yang ZJ, Zhang T, Bolshoy A, Beharav A, Nevo E. Adaptive microclimatic structural and expressional dehydrin 1 evolution in wild barley, Hordeum spontaneum, at ‘Evolution Canyon’, Mount Carmel, Israel. Molecular Ecology 2009, 18(9):2063-2075.

  • Yang ZJ, Li GR, Jia JQ, Zeng X, Lei MP, Zeng ZX, Zhang T, Ren ZL. Molecular cytogenetic characterization of wheat–Secale africanum amphiploids and derived introgression lines with stripe rust resistance. Euphytica 2009, 167(2):197-202.

  • Li GR, Liu C, Zeng ZX, Jia J-Q, Zhang T, Zhou JP, Ren ZL, Yang ZJ. Identification of α-gliadin genes in Dasypyrum in relation to evolution and breeding. Euphytica 2009, 165(1):155-163.

2006

  • Hu GK, Feng H, Zhang T, Yan Y, Wu B, Jiang Q, Wu JM, Zhang YZ. Molecular cloning of cDNAs for 14-3-3 and its protein interactions in a white-rot fungus Phanerochaete chrysosporiumAnnals of Microbiology 2006, 56(3):191-196.


教育经历

  • 四川大学  | 生物科学  | 大学本科毕业

  • 2010.9 - 2013.12   美国威斯康辛大学麦迪逊分校  | 联合培养博士

  • 2009.9 - 2013.12   电子科技大学  | 生物医学工程  | 工学博士学位  | 博士研究生毕业

工作经历

  • 2016.9 - 至今   扬州大学

  • 2013.9 - 2016.9   威斯康星大学麦迪逊校区  | 历任

社会兼职

  • [1]. 中国生物信息学学会(筹)农林信息学专业委员会秘书长

  • [2]. Frontier in Plant Science    Associate Editor

  • 研究方向

    团队成员

    团队名称:作物基因组与表观...

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